南魚沼市栃窪地区は、魚沼丘陵の中腹に位置しています。標高736mの樽山を最高地点として、標高550m付近まで急な崖になっています。標高550m付近からゆるやかになり、栃窪集落は標高500m前後にあります。栃窪集落からはさらに傾斜がゆるくなって六日町盆地に続いています。塩沢地区と比較すると、標高差300メートルあり、気温は約3℃ほど違います。冬は、例年3〜4メートルの積雪があり、昭和59年には最高6.25メートルを記録しました。